背景：
2024年3月，美國農業部證實了美國奶牛群之間傳播的首例高致病性禽流感病例。此前，奶制品生產商報告稱，在過去的2-3個月裏，他們的泌乳奶牛患上了一種不尋常的疾病。美國農業部進行的病毒全基因組測序和建模表明，高致病性禽流感H5N1，分支2.3.4.4b，基因型B3.13從野鳥到奶牛的單一溢出可能發生在2023年10月至2024年1月之間。從那時起，聯邦、州和行業合作夥伴就合作應對奶牛中的高致病性禽流感威脅，從而制定了兩項聯邦命令並實施了國家牛奶檢測戰略（NMTS）。 2024年12月，各州開始加入NMTS，繼續或現在實施全州散裝罐監測和/或牛奶加工廠筒倉監測。內華達州是首批參與國家筒倉監測計劃的州之一，該計劃包括檢測加工廠筒倉中的牛奶樣本是否存在高致病性禽流感。這一抽樣方案與美國食品藥品監督管理局現有的監管計劃相吻合，該計劃要求在6個月內對所有A級原料奶筒倉進行四次抽樣。

檢測：
在內華達州，1月10日，國家獸醫服務實驗室（NVSL）通過聚合酶鏈式反應（PCR）檢測到2025年1月6日和7日收集的11個筒倉樣本中有3個HPAI呈陽性。該州已收到通知，並啟動了調查以追蹤源頭，因為多達12家奶牛場（位於同一地理區域）可能向受影響的筒倉供應牛奶。1月17日，監管官員從疑似奶牛場收集了農場散裝牛奶樣本，並將其提交給華盛頓動物疾病診斷實驗室（WADDL），該實驗室是國家動物衛生實驗室網絡（NAHLN）的成員。1月24日星期五，NVSL通過PCR在其中兩家奶牛場的樣本中確認了高致病性禽流感。NVSL於1月31日完成了全基因組測序，並在一個畜群的四個不同散裝罐的樣本中鑒定出高致病性禽流感H5N1，分支2.3.4.4b，基因型D1.1。第二個群體也顯示出與D1.1一致的部分序列。在檢測之前，沒有在牛身上觀察到臨床症狀，但自那以後就有報道，受影響的乳制品生產商報告了動物奶牛場附近的大量野生鳥類死亡。
雖然在2024-2025年冬季，D1.1基因型一直是北美所有四條遷徙野鳥中傳播的主要毒株，但這些內華達州的病例代表了美國奶牛中首次檢測到B3.13以外的基因型，也是第二次已知的野鳥向哺乳奶牛的溢出。

病毒流行病學和起源：
自2021年底以來，已記錄了六次歐亞高致病性禽流感H5N1分支2.3.4.4b在北美遷徙的野生鳥類中的單獨引入（基因型A1至A6）。基因型D1.1是A3的重組體。基因型A3於2022年4月首次出現在太平洋航線上，直到2024年秋季才在太平洋航線中檢測到。自今年秋天以來，通過野生鳥類監測，在所有四條遷徙路線的候鳥中零星報告了基因型A3，占迄今為止總檢測量的3.3%。基因型D1.1保留了原始A3基因型的四個基因；血凝素（HA）、聚合酶堿性1（PB1）、基質（M）和非結構（NS），以及源自候鳥中發現的其他北美譜系病毒的其他基因。這種基因型於2024年9月首次被發現，並迅速擴展到所有北美遷徙路線。D1.1是目前遷徙野生鳥類中的主要基因型，盡管首次發生在2024年底，但自2022年以來占總檢測量的6.07%。在內華達州奶牛中發現的D1.1病毒與最近在多條北美遷徙路線的候鳥中檢測到的其他D1.1病毒密切相關。對內華達州奶牛病毒血凝素基因的分析並沒有發現預測會影響對哺乳動物宿主的感染性或適應性的變化。然而，在從四只不同的奶牛身上測序的病毒中發現了PB2 D701N的變化，這通常與哺乳動物對HPAI病毒的適應有關。迄今為止，在野生鳥類或家禽中發現的D1.1病毒中沒有觀察到這種變化，在奶牛中檢測到的B3.13基因型病毒中也沒有發現這種變化。PB2 D701N以前與哺乳動物的適應有關，因為它提高哺乳動物細胞中RNA聚合酶的活性和複制效率，並有可能影響感染哺乳動物的發病機制。此前已在人類高致病性禽流感H5病例中發現了這種變化，但沒有證據表明會在人類之間傳播。序列中沒有發現與哺乳動物適應相關的其他變化。值得注意的是，從奶牛身上測序的這些D1.1病毒不含PB2-631L標記，而PB2-631L標記似乎在奶牛B3.13序列中是固定的。根據現有的公開共享流程，NVSL立即向美國疾病控制和預防中心提供了D1.1序列信息，並將在分析後7天內將序列文件發布到國家生物技術信息中心（NCBI）序列讀取檔案（SRA），在根據流行病學信息解釋序列和檢查質量時添加元數據。

總結：
這一檢測表明，這種高致病性禽流感病毒基因型D1.1是繼2023年底/2024年初B3.13事件之後，候鳥向奶牛的第二次溢出事件。正在進行調查，以充分描述這一事件。內華達州農業部迅速采取行動，首先迅速加入NMTS以啟動積極監測，然後在牛的遷徙可能將這種病毒進一步傳播到當地以外之前，識別並隔離受影響的奶牛場。這是第一次在加工廠而不是在農場單獨或直接對牛奶進行取樣，檢測到高後果疾病，證明筒倉監測是監測國家奶牛群高致病性禽流感的有效方法