福建省參與“中國-世界衛生組織流行性感冒監測合作項目”（2001~2004年）始于2001年3月。福建省衛生廳重視項目的實施，三年多來，多次行文、撥款，協調有關單位對項目進行管理和指導。福建疾病預防控制中心自項目啓動以來，在項目啓動與管理、流感監測網絡建設、監測檢驗工作和監測點實驗室檢測能力培訓等方面做了大量的工作。2004年2月，根據流感疫情和人禽流感防治工作的需要，已將監測點擴大至覆蓋全省九個設區市的20所哨點醫院和9個禽類飼養場高暴露人群監測點，加大了流感和人禽流感監測工作的力度。

截止今年3月份，共采集流感樣病例呼吸道標本2469份，分離出流感病毒188株（分離率7.61%）。其中H1N1亞型33株（占17.55%），H3N2亞型116株（占61.70%），乙型39株（占20.74%）。病毒學監測結果表明，福建省流感病毒型別分布主要以H3N2亞型爲主。2002年，福建疾病預防控制中心采用MDCK細胞培養方法，從福建省婦幼保健院采集的一例流感樣兒童咽拭子標本中分離出1株甲3亞型流感病毒A/Fujian/411/2002(H3N2)，該株病毒被WHO確定爲2004-2005（北半球）流感疫苗組成類似株之一，同時也被我國確定爲2004-2005年中國流感病毒H3N2亞型代表株，這表明福建省流感監測系統是敏感和有效的。福建省流感監測在2003年傳染性非典型肺炎的防治工作中也發揮了重要作用。