禽流感病毒（AIV）對家禽和野鳥構成持續威脅。活禽市場在東南亞廣泛存在，是監測的關鍵場所。通過潛類模型，我們分析了來自柬埔寨、老撾人民民主共和國（老撾）、緬甸和越南的多年監測數據，以估算AIV的流行率，並評估雞、鴨及環境糞便樣本在檢測受汙染市場AIV亞型中的有效性。鴨樣在檢測H5N1、H5N6和H5N8方面優於雞樣。對H9N2，雞樣的效果優於鴨樣。環境樣本在越南和老撾的敏感性處於中等水平，但在緬甸檢測H5N1時優於活體樣本。盡管環境樣本的總體估計敏感性較低，但仍是活體采樣的有用替代方案。觀察到的差異反映了各國之間不同的動態，凸顯了針對具體情況進行監測的必要性。各國應根據其禽流感監測優先事項調整采樣方法。