季節性流感的控制面臨疫苗有效性差異和非藥物幹預（NPI）效果不確定的挑戰。盡管疫苗接種仍然是主要策略，但其有效性在疫苗匹配和不匹配的流感季之間有所不同。COVID-19 大流行後，NPI 接受度的提高增強了流感控制的可行性，但最佳組合策略仍知之甚少。我們使用基於個體的模型分析了香港六個流感季（2009-2013）中具有不同流行特征的流感傳播情況。我們整合監測、血清學和學校缺勤數據進行校准，從而能夠准確估計已報告和未報告的感染情況。我們評估了針對特定年齡群的疫苗接種、病時居家、佩戴口罩及基於學校的幹預措施在不同真實場景下的效果。與基線相比，兒童疫苗接種在各項策略中始終表現最佳，其中針對12歲以下兒童的接種可實現人口層面發病率的最大降低（每10萬人接種相對減少可達8.5%）。在非藥物幹預措施中，40%的口罩覆蓋率可將發病率降低18%–43%，與25%的症狀個體居家隔離效果相當。在疫苗匹配不理想的季節，高覆蓋率口罩使用與居家隔離相結合可將發病率降低79%–84%。高覆蓋率的校內疫苗接種比停課更有效，可將學生發病率降低高達85%，而14天停課僅能降低33%。我們的多來源校准方法為優先兒童疫苗接種及策略性非藥物幹預組合提供了穩健的證據。