Laura Mojsiejczuk, etc.,al. [預印本]流感變異探索器:一個用於繪制甲型流感病毒宿主適應性變異的交互式平台. https://doi.org/10.64898/2026.07.22.740012
發表人:kickingbird 發表時間:2026年7月29日18点53分 來源:https://doi.org/10.64898/2026.07.22.740012
甲型流感病毒(IAV)基因組測序的快速擴大改變了全球監測,但也給解釋病毒突變的生物學意義帶來了重大挑戰,特別是與宿主適應相關的氨基酸置換。已經創建了資源來支持突變注釋和系統發育分析,但需要一種工具,將實驗得出的表型證據與進化背景整合到一個適合用戶的框架中,而無需事先接受生物信息學培訓。在這裏,我們介紹了Flu Mutation Explorer,這是一個交互式網絡應用程序,將大規模流感系統發育與手動策劃的哺乳動物適應突變數據庫相結合,以探索和解釋IAV遺傳變異。基礎數據庫包括超過150萬個公開可用的IAV序列和1000多個與哺乳動物適應相關的突變。Flu Mutation Explorer使用戶能夠查詢蛋白質序列,可視化病毒譜系中的氨基酸分布,檢查宿主特異性保護模式,並通過支持文獻的鏈接識別適應突變。我們納入了案例研究,展示了該平台在評估感興趣位點的氨基酸保護以及在正在進行的H5N1全動物疫情期間快速識別候選哺乳動物適應突變方面的應用。通過將基因組、系統發育和功能信息整合到一個直觀的界面中,Flu Mutation Explorer降低了專家和非專家解釋流感序列的障礙。
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