甲型流感病毒（IAV）在感染期間劫持宿主細胞機制，但許多宿主-病毒-蛋白質相互作用仍未被描述，特別是在其天然環境中。在這裏，我們應用了細胞內交聯質譜，結合結構建模和功能分析，繪制了IAV感染的人類細胞中的蛋白質-蛋白質接觸位點。這揭示了以前未被識別的病毒-宿主相互作用與空間組織過程有關。我們通過膜結合內質網-高爾基體系統鑒定了與病毒表面糖蛋白血凝素不同糖型成熟相關的宿主因子。在細胞核中，我們觀察到多個細胞系中副核（相分離的無膜隔室）的逐漸解體。在機制上，病毒核蛋白和非結構蛋白1與宿主寄生小體蛋白相互作用，病毒核酸內切酶PA-X降解寄生小體內的長非編碼RNA，同時病毒RNA聚合酶II被抑制以促使寄生小體解體，從而釋放出有助於甲型流感病毒複制的宿主因子。這些發現揭示了甲型流感病毒在感染過程中利用並重塑宿主細胞區室的機制。