阿拉斯加西南部濕地是在北美西部和東亞繁殖的遷徙水禽的重要棲息地。自2011年以來，每年在阿拉斯加伊澤姆貝克國家野生動物保護區及其周邊地區收集來自獵人收獲的水禽和環境糞便的樣本，以評估禽流感病毒（AIV）的發生、演變和傳播。持續檢測到棲息在該地區的野生鳥類的病毒，並觀察到頻繁的洲際病毒傳播。2014年和2022年，在北美太平洋航線上檢測到H5亞型高致病性禽流感病毒（HPAIV），這可能受到當時在候鳥中傳播的低致病性禽感冒病毒（LPAIV）的遺傳和抗原多樣性的影響。相反，高致病性禽流感病毒（HPAIV）的引入可能改變了野生水鳥宿主體內低致病性禽流感病毒（LPAIV）共循環的生態格局。為評估這些生態交互作用，我們分析了LPAIV與HPAIV的長期出現模式及多樣性變化，重點關注與HPAIV引入事件相關的變遷。在為期14年的禽流感病毒監測中，病毒流行率在HPAIV引入期間達到峰值。HPAIV與LPAIV之間的基因重配產生了新型HPAIV基因型，以及一個包含HPAIV基因片段的LPAIV。2022年HPAIV引入後，歐亞譜系基因片段的比例有所上升。該長期數據集凸顯了北美禽流感病毒最持續監測活躍采樣點之一中，野生鳥類體內LPAIV與HPAIV生態格局的變遷。