來源於鳥類和豬類的人畜共患甲型流感病毒（zIAV）對公共衛生構成了嚴重威脅。自1996年zIAV A(H5N1)出現以來，該病毒已經在全球傳播，影響了野鳥、家禽、野生及家養哺乳動物，包括牛和豬，並偶爾感染人類。在人–動物界面上，檢測和表征zIAV仍然面臨挑戰。最近在荷蘭以及歐洲範圍內進行的外部質量評估，評估了人類臨床診斷實驗室和國家參考實驗室檢測、分型及表征潛在zIAV的能力。基於這些結果，我們反思了用於識別歐洲zIAV感染病例的方法現狀和挑戰。雖然所有實驗室在甲型流感病毒的通用檢測上大體上都很成功，但在臨床診斷實驗室中，分型並未被廣泛使用。對於國家參考實驗室來說，豬源病毒的亞型鑒定仍然具有挑戰性，通常需要通過測序才能准確識別。雖然測序在表征豬流感病毒（zIAV）方面潛力更大，但仍需要對生物信息學工具的正確使用進行培訓。同時，提高醫護人員的意識，記錄患者病史中的動物接觸情況也很關鍵，因為只有早期懷疑人畜共患感染，才能指導實驗室進行包括亞型鑒定在內的檢測。