甲型流感病毒（IAV）帶來的巨大公共衛生負擔需要持續監測其傳播以識別風險。基於廢水的監測（WBS）能夠對大規模人群中的IAV傳播進行非侵入式監控。在這項研究中，我們利用荷蘭在新冠疫情期間建立的WBS基礎設施，評估在廢水中監測IAV的實際應用。我們使用RT-qPCR通過40個處理廠采集的5618個廢水樣本來識別IAV陽性率的趨勢，這些趨勢在流感流行期間達到高峰。此外，我們還使用定制引物面板對128個廢水樣本中流行亞型A(H1N1)pdm09和A(H3N2)的血凝素（HA）和神經氨酸酶（NA）片段進行覆蓋放大和後續測序。這使得在115個樣本中實現了（部分）IAV片段的回收，這些樣本被用來確定相對亞群數量並識別疫苗抗性突變，這兩者都與臨床監測數據相符。雖然還需要進一步提高樣本病毒濃度和檢測靈敏度，以便持續生成高質量的數據和為公共衛生專業人員提供洞察，但我們顯示，在廢水中監測IAV及其相關亞型是可行的。