豬流感病毒（SIV）不僅給養豬業帶來重大損失，還因其跨物種傳播能力和人畜共患特性而對人類健康構成潛在威脅。在這項研究中，我們從山東省的豬只中收集了600份鼻拭子樣本，並使用RT-qPCR檢測SIV。其中有一個樣本檢測呈陽性，並且病毒成功地在10天齡的特定病原體清潔（SPF）受精雞蛋中分離出來。亞型特異性RT-PCR和測序結果顯示，該分離株為H3N2型，被命名為A/swine/Shandong/116/2022 (H3N2)。全基因組測序和相似性分析顯示，PB2、PB1、PA、NP和M基因與H1N1病毒最為相似（97.71–99.67%），而HA、NA和NS基因則與H3N2病毒最接近（96.06–97.85%），這表明該分離株是H1N1和H3N2病毒的重配株。系統發育分析顯示，PB2、PB1、PA、NP 和 M 基因屬於 2009 年大流行 H1N1（pdm/09 H1N1）譜系，HA 和 NA 基因屬於類人 H3N2（HL H3N2）譜系，NS 基因屬於三重重配（TR）H1N2 譜系。關鍵氨基酸分析顯示 HA 蛋白裂解位點為單堿基（PEKQTR/G），與低致病性一致，同時有 190V、226I 和 228S 等殘基，可能影響受體結合。PB2 的 271A、590S 和 591R 殘基可能影響病毒複制和宿主適應性。與人用流感疫苗株 A/Darwin/9/2021 (H3N2) 相比，HA 抗原位點 A、B、C 和 E 發現了若幹氨基酸變化，提示可能存在抗原漂移。此外，該分離株與疫苗株在 N-連接糖基化位點上也存在明顯差異，包括丟失幾個糖基化位點以及在位置 499 出現一個新的糖基化位點，可能改變病毒抗原性和免疫識別。功能研究表明，該分離株能有效感染MDCK細胞，並在BALB/c小鼠的呼吸道組織中複制，導致輕到中度的肺損傷，但沒有死亡或明顯體重下降。總的來說，該分離株是一個多源重配病毒，毒力較低，為了解在中國豬群中流行的H3N2流感病毒的遺傳特征和流行病學提供了有價值的參考。