自2020年以來，屬於2.3.4.4b亞系的高致病性禽流感H5Nx病毒已在歐洲地方性流行，引發以廣泛重配事件為特征的反複流行波。在此，我們描述了一種單一高適應性基因型（EA-2024-DI）的出現，該基因型推動了連續兩波流行，並演化為不同的亞系。在其持續傳播期間，2025-2026年流行中，它在野生鳥類中導致了前所未有的病例數量。通過對大型基因組序列數據集進行系統動力學分析，我們比較了EA-2024-DI亞系在最近三次流行（2023-2024、2024-2025和2025-2026）的空間擴散及宿主傳播模式。我們顯示，該基因型隨時間持續存在，並主要通過野生鴨類傳播，但不同傳播波之間的傳播模式發生了顯著變化，流行中心從東歐轉向中歐，後者已成為病毒在歐洲擴散的重要樞紐。我們的結果顯示，攜帶增強病毒在哺乳動物宿主中複制的突變的野生和家養哺乳動物病毒頻率最近有所增加，這突顯了主動監測這一宿主群體的重要性，以更好地理解其在病毒生態學和進化中的作用。