甲型流感病毒（IAV）在歐洲豬群中廣泛流行，並通過來自人類的頻繁引入不斷多樣化，隨後在豬群中發生基因重配。西班牙由於集約化白豬養殖、大範圍伊比利亞豬養殖系統以及豐富的野豬種群並存，表現出了特別動態的生態環境。本研究提供了對2019年至2022年西班牙豬群中IAV演化和基因組多樣性的綜合分析，擴展了2016年至2019年的先前監測工作。在24個省進行的采樣中獲得了66個來自伊比利亞豬和白豬的新全基因組序列。
我們確定了18種基因型，其中包括11種在我們以前的調查中未發現的新型重配病毒。一些基因型，如H1huN2 G21和G22、H3N2 G23以及不尋常的H3N1 G12，僅在該國發現。一些基因型在托萊多和巴達霍斯的白豬、伊比利亞豬和野豬中都有檢測到，這表明病毒在豬群中存在流動。
系統發育分析顯示，H1N1pdm09正從人類不斷傳入豬群，形成了至少五種重配基因型（G10、G16–G19）。這些譜系融合了大流行病毒的內部基因片段，並在某些情況下包含人類季節性N2片段，突顯了人類作為病毒入侵來源的持續作用。相反，2022至2026年間在西班牙檢測到的四例人畜共患感染（H1N1v）與白豬中流行的基因型有關，強調了流感A病毒在人類與豬群界面傳播的雙向特性。
總體而言，這項研究表明，西班牙提供了有利於流感病毒多樣化、重配和人畜共患風險的生態條件。這些發現強化了持續推進“整體健康”監測的必要性。