人類季節性流感病毒的抗原進化主要是由血凝素（HA）蛋白中受體結合位點附近的單個氨基酸置換驅動的。預測這些替代的能力將允許在了解未來可能的抗原變異的情況下選擇疫苗株。在這裏，我們使用大型系統發育中趨同進化的測量來估計HA置換對病毒適應度的影響。我們表明，曆史上導致H3N2流感病毒主要抗原變化的置換幾乎總是HA受體結合位點附近的少數置換之一，這些置換估計在抗原轉換前收集的序列中處於正選擇狀態，這是基於多個獨立譜系中置換的收斂性獲得。此外，該信號比包含抗原置換的主要分支的建立早了一年多，因此對於前瞻性預測具有很高的信息量。