2024年之前，高致病性禽流感H5N1演化系2.3.4.4b病毒主要在野生鳥類和家禽中流行。2024年和2025年，在美國奶牛中檢測到2.3.4.4b基因型B3.13和D1.1。通過全基因組和片段特異性系統動力學推斷，我們估計B3.13和D1.1分別於2023年底和2024年底從野生鳥類溢出到奶牛中。溢出發生在重組基因型形成後不久，隨後經曆數月的隱秘傳輸後才被發現。我們發現，B3.13和D1.1在牛中相較於鳥類的進化速率更高，主要得益於淨化選擇的放松。特定地點分析發現牛群基因組相對於鳥類處於正向選擇狀態，表明適應性，並可能促進病毒溢出後的適應性提升。在奶牛中加強基因組監測至關重要，因為種群免疫帶來了額外的選擇壓力，人類感染的風險瞬息萬變。