2.2類群 H5N1類流感病毒引發了異常多的人類感染，為研究宿主適應早期分子步驟提供了獨特機會。盡管大多數研究聚焦於血凝素（HA），但神經氨酸酶（NA）對這些早期適應性事件的貢獻仍不明確。通過分析2.2類群感染患者的公開序列，我們識別出20個NA突變，並將其表型與20個在無藥物條件下人類原級氣道細胞多樣化過程中獲得的突變進行了比較。大多數患者來源的NA突變導致唾液苷酸酶活性適度降低，保持活性在支持α2,6唾液糖鏈（α2,6 Sia）優勢環境中複制改善的功能範圍內，而過度減少則損害適應度。值得注意的是，培養選擇與患者衍生突變的表型高度一致，表明這些NA變化是通過自然選擇而非抗病毒壓力引起的。對患者序列的重新分析進一步顯示，許多適應性NA突變與僅賦予弱部分α2,6 Sia結合的HA突變共存。利用逆向遺傳學，我們發現這些自然存在的HA/NA突變對以受體-情境依賴性方式協同作用，支持α2,6相關複制，相較於僅HA的突變體，使這些變異處於一個受限的“早期適應空間”，其特征是α2,6的結合有限且NA活性中度降低。綜合這些發現表明，早期人類對2.2類群H5N1的適應不僅涉及HA和PB2，還涉及NA功能的漸進式合作調諧。因此，協調的HA–NA演化監測有望改善處於人類宿主適應早期階段的人畜共患流感病毒的風險評估框架。