乙型流感病毒（IBV）由於其在季節性流行病中的作用而仍然是一個令人擔憂的問題，經常導致以高發病率和死亡率為特征的局部爆發。本研究使用系統發育和氨基酸變異分析對山東省分離的109株IBV菌株進行了分析。這些序列與從GISAID流感數據庫獲得的疫苗株和代表性分離株進行比對。使用MEGA軟件中的最大似然（ML）方法構建系統發育樹，同時使用MegAlign軟件可視化氨基酸取代，並使用NetNGlyc 1.0預測潛在的N-糖基化位點。與當代疫苗株相比，山東省分離的109株IBV株表現出96.2%至100.0%的遺傳同源性，隨著時間的推移，進化差異有增加的趨勢。觀察到HA基因中的年度氨基酸取代，特別是在關鍵的抗原表位內，包括120環，150環，160環和190螺旋，以及在受體結合域中。共鑒定出30種推定的抗原變體。值得注意的是，一株菌株在NA基因中攜帶H273Y突變，這與神經氨酸酶（NA）抑制劑的耐藥性有關。在編碼NP，PA，NS1，PB2和PB1的基因中檢測到其他突變，表明它們可能參與病毒複制和免疫逃避。此外，鑒定出一種B/Victoria菌株，其具有源自B/Yamagata譜系的NP基因，表明譜系之間可能存在重配。2015年至2024年間山東IBV毒株的基因組進化是由抗原漂移和遺傳重配驅動的。循環菌株和疫苗成分之間的次優抗原性匹配，以及耐藥變體的出現，強調了持續疫苗更新和抗病毒藥物戰略選擇的迫切需要。對IBV流行病學和基因進化的持續監測對於提供潛在大流行威脅的早期預警仍然至關重要。