環境監測已成為早期發現對人類構成威脅的病原體的關鍵策略。在亞洲，活禽市場是人畜共患病毒傳播的關鍵界面。傳統的采樣策略耗時、昂貴，並存在重大的生物安全風險。在這裏，我們評估了2022年1月至2023年4月期間，宏基因組學在環境樣本（ES）和傳統家禽拭子上檢測兩個柬埔寨活禽市場（LBM）中病毒病原體的性能。ES，包括空氣（n?=?35),籠拭子（n?=?17),屠體沖洗水（n?=?17) 飲用水（n?=?9) 與雞的口咽拭子和泄殖腔拭子一起收集（n?=?30) 鴨子（n?=?29). ES對檢測包括正粘液病毒科和冠狀病毒科在內的病原體家族的40種病毒很敏感。空氣樣本捕獲了最多樣化的家禽病毒。當與同一基因比對時，ES的病毒重疊群與家禽拭子重疊群顯示出高度的序列同一性。我們發現ES在檢測高致病性甲型H5N1流感方面優於家禽樣本，包括2.3.4.4b和2.3.2.1c分支，這些分支在環境中發現，但被家禽拭子遺漏了。我們的研究結果表明，ES的宏基因組學複制了傳統的監測，提供了更廣泛的覆蓋範圍和更好的病原體檢測。這種方法對於減輕人畜共患傳染病的蔓延和加強流行病的防範至關重要。