來自不同甲型流感病毒亞型的血凝素（HA）具有約40%的氨基酸同一性，但它們的蛋白質結構和細胞進入功能高度保守。在這裏，我們研究了HA上的序列約束在三種亞型之間的差異程度。為此，我們首先使用假病毒深度突變掃描來測量H7 HA的所有氨基酸突變如何影響其細胞進入功能。然後，我們將這些新的測量結果與先前描述的所有H3和H5突變如何影響細胞進入功能的測量結果進行比較。我們發現，約50%的HA位點在HA亞型中對不同氨基酸的偏好差異很大。氨基酸偏好差異最大的位點往往被掩埋，並且在不同的HA亞型中具有生化上不同的野生型氨基酸。我們提供了一個例子，說明重新連接接觸殘基之間的相互作用如何顯著改變了在特定位點可以耐受的氨基酸。總體而言，我們的結果表明，具有相同結構和功能的蛋白質如何隨著序列的差異而受到非常不同的位點特異性進化約束。