Richard A. Neher. [預印本]季節性流感病毒遺傳變異追蹤的命名法. https://doi.org/10.64898/2025.12.06.25341755
發表人:kickingbird 發表時間:2025年12月9日9点37分 來源:https://doi.org/10.64898/2025.12.06.25341755
背景:人類季節性流感病毒的基因組監測是全球流感監測與響應系統(GISRS)的重要組成部分,並為季節性流感疫苗配方的建議提供指導。病毒基因組序列的系統發育分析用於識別具有潛在抗原變化的病毒群,並利用計算模型預測哪些病毒變異在未來季節可能高水平傳播。為了促進遺傳多樣性的討論和報告,以及傳達抗原推薦,更新且足夠細致的遺傳類群定義非常重要。
方法:人類A(H3N2)、A(H1N1)pdm09和B型流感的第4段(血凝素)和第6段(神經氨酸酶)命名系統。
結果:我們設計了一種分支建議算法,基於以下條件提出新的子分支,包括(i)該組序列數量,(ii)與直接祖先分支的分歧,以及(iii)通往該子分支的分支氨基酸替換的數量和質量。算法類群提案被審查並賦予一個系統層級標簽,由一個首字母跟數字組成(例如 G.1.3)。名字通過混疊(aliasing)來保持簡短,也就是將前綴合並成唯一字母。亞分支定義被公開分享,以促進工具的采用和開發。Nextclade 支持這一新命名法,並被 GISRS 網絡常規使用。
結論:隨著基因組監測的不斷增加,對最新分類方案的需求也在增長,我們希望當前的動態提案能夠適應不斷增長的數據量,並有助於簡化這些數據的解釋。
方法:人類A(H3N2)、A(H1N1)pdm09和B型流感的第4段(血凝素)和第6段(神經氨酸酶)命名系統。
結果:我們設計了一種分支建議算法,基於以下條件提出新的子分支,包括(i)該組序列數量,(ii)與直接祖先分支的分歧,以及(iii)通往該子分支的分支氨基酸替換的數量和質量。算法類群提案被審查並賦予一個系統層級標簽,由一個首字母跟數字組成(例如 G.1.3)。名字通過混疊(aliasing)來保持簡短,也就是將前綴合並成唯一字母。亞分支定義被公開分享,以促進工具的采用和開發。Nextclade 支持這一新命名法,並被 GISRS 網絡常規使用。
結論:隨著基因組監測的不斷增加,對最新分類方案的需求也在增長,我們希望當前的動態提案能夠適應不斷增長的數據量,並有助於簡化這些數據的解釋。
相關鏈結:

