流感病毒通過呼吸道排出傳播，但在這種排出中檢測傳染性病毒一直具有挑戰性。在這裏，我們描述了使用模塊化流感采樣隧道 （MIST） 對呼吸道顆粒中傳染性病毒進行定量和基因分型。顆粒沉積在細胞單層上，從而能夠對病毒進行培養、定量和測序。同時，水敏感紙和細顆粒采樣器可產生大範圍的呼吸道顆粒計數。使用 MIST，我們在接種後多天從實驗性感染流感病毒的人類身上捕獲傳染性病毒。回收的呼吸道顆粒數量變化超過三個數量級，並且包含病毒遺傳變異，在感染個體的樣本中也檢測到病毒遺傳變異。傳染性病毒的排出與唾液和鼻咽拭子中的傳染性病毒載量以及臨床症狀有關。這些數據揭示了排出氣溶膠中病毒多樣性的維持，並表明個體之間傳染性排出程度的異質性可能會影響前向傳播的可能性。