流感病毒核糖核蛋白複合物（RNPs）由聚合酶複合物（FluPol），核蛋白（NP）和RNA組成，對於複制和轉錄至關重要。我們報告了兩種狀態下微型vRNPs的原子分辨率低溫電磁結構：位於NP-RNA環內部（狀態輸入）或外緣（狀態輸出）的FluPol。在這兩種狀態下，vRNA的5´和3´末端如先前報道的那樣與FluPol結合。一個NP（NP-0）與FluPol的PA/PB1接觸並結合遠端雙鏈vRNA啟動子，其D72-K90環插入RNA叉中；分離的鏈占據NP-0 RNA結合槽。來自其他NP的凹槽形成連續的RNA保護途徑，與負鏈RNA病毒機制一致。在狀態In中，FluPol二聚化或Pol II相互作用的界面被阻止，但在狀態Out中完全暴露。這些結構揭示了詳細的FluPol NP-RNA偶聯，並暗示了病毒生命周期中RNP的構象變化。