1968年出現的亞型H3N2甲型流感病毒（IAV）引起大流行，已經顯示出持續的循環和適應，這需要頻繁更新候選疫苗病毒。在這裏，我們試圖確定1968年至2019年分離的21種抗原性不同的H3N2 IAV的血凝素（HA）和神經氨酸酶的遺傳變化如何與哺乳動物的適應性和適應相關。我們發現在1997年至2002年期間，適應性激增，導致a/Fujian/411/2002（H3N2）的出現和疫苗效力差，導致2003-2004年季節流行。這種激增的特征是與哺乳動物α2,6型連接的唾液酸的結合大大減少，並且在人源化的Madin-Darby犬腎細胞中感染性和複制動力學增加。HA糖基化也從1968年到2004年增長最快，然後趨於平穩。症狀性感染僅在接種20世紀70年代分離的病毒和最具致病性的A/Aichi/2/1968（H3N2）後的小鼠中才明顯。除了A/Sydney/5/1997（H3N2）導致體重減輕外，最近的病毒沒有引起任何可檢測到的症狀。2002年後向α2,6連接唾液酸結合的轉變，加上哺乳動物模型中致病性的降低，強調了H3N2適應人體循環而不影響免疫原性，這是疫苗設計的關鍵考慮因素。總體而言，我們的數據顯示，從1997年到2002年，哺乳動物適應的激增產生了a/Fujian/411/2002（H3N2），隨後的病毒顯示出哺乳動物適應的更多標志，例如與表達α2,6-連接的唾液酸的細胞的結合增加，哺乳動物致病性降低。