Cas13通過將CRISPR RNA與靶RNA中的互補單鏈RNA原間隔區雜交來激活。雖然Cas13在體外不會被雙鏈RNA激活，但它在RNA高度結構化的細胞環境中穩健地靶向RNA。Cas13靶向結構化RNA的機制仍然未知。在這裏，我們系統地探討了二級結構對Cas13的影響。我們發現原間隔區及其 3´中的二級結構抑制了Cas13活性，並通過鏈位移框架定量解釋了前一種效應。然後，我們利用鏈位移來生成“閉塞”的Cas13，這將錯配辨別能力提高50倍，並能夠在低（<1%）等位基因頻率下進行與序列無關的突變鑒定。使用封閉的Cas13，我們鑒定了SARS-CoV-2以及人類和禽甲型流感病毒中的人類適應性突變，以及 KRAS 中的致癌突變。我們的工作利用對Cas13的機理理解的改進來擴大RNA診斷的範圍並實現結構知情的Cas13方法。