甲型流感病毒（IAV）形成多形性顆粒，包裝八個核糖核蛋白複合物（vRNP），每個複合物都攜帶一個不同的RNA基因組片段。vRNP在細胞核中組裝，並在Rab11a介導的質膜運輸過程中進行選擇性分選。病毒粒子組裝由基質蛋白1（M1）協調，基質蛋白 在病毒包膜下形成一層含有血凝素（HA）和神經氨酸酶（NA）。然而，vRNP分布、胞質運輸和IAV組裝協調的分子細節仍不清楚。使用原位冷凍（ET），我們發現含HA的膜為膜輔助vRNP聚類提供了Rab11a依賴性平台，從而縮短了vRNP間距離。在沒有HA的情況下，vRNP聚集在含NA的膜上，病毒組裝保持完整，表明vRNP聚集和運輸是膜輔助的，但與HA無關。特征性的7+1 vRNP束與出芽同時形成，並由質膜附著之前的M1層組裝協調。我們進一步揭示，細胞內M1形成反平行二聚體的多層螺旋組裝體，在結構上與病毒粒子中的M1層不同。這些組裝體在細胞核中是致密的，但在細胞質中部分解離，可能作為出芽的儲存庫。我們的研究結果共同揭示了膜輔助vRNP聚類和M1協調流感病毒組裝的分子細節。