人畜共患甲型流感病毒 （IAV） 對養殖動物和人類的溢出有可能引發流行病甚至全球大流行。我們介紹了 FluWarning，這是一種高效且優雅的計算方法，基於密碼子偏差和二核苷酸組成的異常檢測，用於早期識別不同的病毒 HA 片段。我們將 FluWarning 應用於 2009 年流感大流行作為測試案例。FluWarning 成功識別了導致大流行的病毒 pdm09 的出現，並在觀察到的全球傳播之前發出了警告。FluWarning 應用於 2019 年至 2025 年間收集的 H5N1 標本，標記了基因型 D1.1 和 B3.13，這兩者都與最近在美國奶牛中的溢出效應有關。總之，FluWarning 是一種有效、輕量級、多尺度的 IAV 預警系統，可檢測可用序列很少的溢出效應。