自2020年起，高致病性禽流感（HPAI）H5N1病毒2.3.4.4b亞型的爆發已演變為有記錄以來規模最大的全球性動物疫情1,3。本文報道該病毒已侵入印度洋亞南極克羅澤群島和克爾格倫群島，我們在2024年10月首次於死亡的南象海豹屍體中檢測到該病毒。盡管疫情仍在持續，但已造成海洋哺乳動物和海鳥前所未有的死亡率。我們采集了海豹和海鳥屍體的腦部拭子樣本，獲得了25個新型HPAI H5N1 2.3.4.4b序列。通過系統發育地理學分析顯示，病毒很可能通過遠程的南喬治亞島（位於南大西洋）而非鄰近的南非海岸獨立傳入克羅澤和克爾格倫群島。我們的研究結果揭示了亞南極地區存在長達一年的基因組監測空白。在本地，我們的分析顯示該病毒能在不同物種間傳播。血清學檢測表明部分南方露脊鯨已產生抗H5抗體反應。隨著高致病性禽流感H5N1病毒亞型2.3.4.4b通過環南極傳播至印度洋，其正逼近尚未感染該毒株的澳大利亞，對南極洲亞區野生動物構成重大威脅