新出現或“重新出現”的流感病毒已被視為對人類公共衛生的巨大全球威脅。然而，很少有關於豬和家禽新出現的流感病毒導致人類死亡的報告。在這裏，我們描述了由豬H3N2和人類H7N9病毒產生的新型H3N2重組病毒引起的致命腦炎的臨床和病毒學特征。2022年8月，中國宜興一名7歲男孩被診斷為急性腦炎。胸部計算機斷層掃描（CT）顯示輕度肺炎。腦CT顯示急性腦炎伴有腦實質腫脹。血液學檢查顯示乳酸脫氫酶、丙氨酸轉氨酶、天冬氨酸轉氨酶、肌酸激酶和細胞因子顯著升高。病原學分析證實，一種新型H3N2病毒（a/Yixing/805/2022，YX805）是該病例的罪魁禍首。系統發育分析表明，表面蛋白編碼基因起源於豬源H3N2病毒，而內部蛋白編碼基因來源於人源H7N9病毒。這種病毒比這些基因相關的H7N9病毒引發更強的細胞因子風暴，並且對神經氨酸酶抑制劑具有天然抗性。YX805病毒對小鼠具有高度致病性。我們的研究強調了迫切需要通過全基因組測序加強豬流感病毒和禽流感病毒之間重組事件的流行病學調查。