具有H5血凝素（HA）基因（2.3.4.4b分支）的高致病性禽流感（HPAI）病毒正在野鳥中引發一場全球大流行。這些病毒的傳播與多種哺乳動物的溢出感染有關，包括在美國奶牛中出現的一場規模空前的疫情。在大規模農場檢測之前，存在未被滿足的基因組監測需求。感染的奶牛可以在牛奶中排出大量HPAI H5N1病毒，使得在經過巴氏殺菌的零售乳制品樣本中可以檢測到病毒。在一個中西部城市進行了為期兩個月的采樣期間，我們獲得了來自20個不同州的乳制品。在這裏，我們展示了一種分段擴增測序方法，從13個病毒RNA陽性樣本中的5個樣本中獲得了超過90%的基因組覆蓋率，測序深度超過20倍，病毒拷貝數越高，測序成功率越好。這些序列在進化樹上與之前報告的奶牛疫情序列聚類。將針對零售乳制品的H5N1實時定量PCR檢測與測序相結合，可以作為應對牛群禽流感疫情的同一健康框架的重要組成部分。