甲型流感病毒（IAV）之間的重新分類促進了基因組進化，並與種屬間傳播和流行病有關。我們介紹了一種名為TreeSort的新工具，該工具可以在具有數千個IAV全基因組的數據集上准確識別最近和祖先的重組事件。該算法與生成數千個全基因組的現代大規模監測研究直接相關。TreeSort使用選定IAV片段的系統發育作為參考，並通過整合其他基因片段的信息，找到系統發育中發生重配的高概率分支。該工具報告了參與重組的特定基因片段，以及它們與之前的基因配對有多不同。我們使用TreeSort研究了在鳥類、豬和人類宿主中分離出的不同IAV亞型的重組模式。禽流感病毒比人類和豬流感病毒表現出更多的重組，禽H7亞型顯示出最頻繁的重組。豬和人H3亞型的重新分類分別比豬和人H1亞型更頻繁。高致病性禽流感H5N1分支2.3.4.4b在2020-2023年期間重組率升高；然而，表面蛋白編碼基因（HA、NA和MP）共同進化，這些基因之間幾乎沒有重組。我們觀察到類似的共同進化模式，人類H1和H3譜系的表面蛋白之間的重組率非常低，這表明表面蛋白之間強烈的共同進化和優先配對是高病毒適應性的結果。我們的算法能夠實時跟蹤不同宿主內和宿主間的IAV重組，可用於確定特定基因如何響應重組事件而進化，並可識別新病毒以進行大流行風險評估。

TreeSort可在https://github.com/flu-crew/TreeSort.