Vincent C Calhoun, Eneida L Hatcher, Linda Yankie,. 使用VADR進行流感序列驗證和注釋. Database, 2024
發表人:kickingbird 發表時間:2024年11月12日14点59分 來源:Database, 2024
每年有數萬個流感序列被存入GenBank數據庫。自2007年以來,GenBank一直在使用軟件工具FLu-ANnotation工具(FLAN)來驗證和注釋傳入的流感序列提交,該工具已作為網絡服務器公開提供,但不是獨立工具。病毒注釋定義R(VADR)是GenBank用於諾如病毒、登革熱病毒和嚴重急性呼吸系統綜合征冠狀病毒2型病毒序列處理的通用序列驗證和注釋軟件包,可作為獨立工具使用。我們基於FLAN參考序列創建了VADR流感模型,並調整了VADR以准確注釋流感序列。VADR和FLAN在絕大多數流感序列上顯示出一致的結果,當它們不一致時,VADR通常是正確的。VADR還可以准確地處理D型流感序列以及甲型流感H17、H18、H19、N10和N11亞型序列,而FLAN不能。VADR 1.6.3和相關的流感模型現在可供用戶免費下載和使用。
數據庫URL:https://bitbucket.org/nawrockie/vadr-models-flu
數據庫URL:https://bitbucket.org/nawrockie/vadr-models-flu
相關鏈結:
- 高通量假病毒中和繪制了甲型H1N1流感病毒的抗原圖譜 6 小時前
- 受感染奶牛的牛奶和添加病毒的牛奶中禽流感A(H5N1)病毒的穩定性 1 天前
- 2022~2024年華東地區雞源H3N3亞型禽流感病毒的遺傳演化、致病性及傳播特性研究 [初級會員] 1 天前
- 流感病毒相關兒童嗜酸性塑型性支氣管炎2例病例報告 [初級會員] 1 天前
- 淋巴細胞/單核細胞比值、中性粒細胞與淋巴細胞比值與甲型流感病毒性肺炎患者病毒載量及臨床轉歸關系 [初級會員] 1 天前

