2019年3月24日，一名21岁男性因发烧和咳嗽症状住院。其咽拭子样本于2019年3月25日被送到国家公共卫生实验室（NPHL）- 尼泊尔国家流感中心（NIC）- 以确认疑似流感感染。同一天开始，患者接受由流行病学和疾病控制司（EDCD）提供的抗流感病毒药物（奥司他韦）治疗。该患者于2019年3月29日因呼吸系统并发症在医院死亡。

NPHL确认患者感染甲型流感。为了确定其感染的流感病毒亚型，样本被送到日本的NIC（世界卫生组织流感合作中心）。2019年4月30日，EDCD收到了关于日本实验室对患者感染H5N1型甲型流感的确认信息。这是尼泊尔首次报告人感染甲型H5N1流感病例。之前，NPHL没有报告过这种病毒感染的其他病例。