在2024~25年高严重性流感季节期间，美国疾病控制与预防中心（CDC）与公共卫生合作伙伴对超过10,000株流感病毒的基因组进行了测序和抗病毒耐药标记分析。对可获得的序列标记病毒和具有代表性的病毒进行了体外抗病毒药物测试。在美国，三株奥司他韦耐药的A(H3N2)病毒出现了治疗过程中新出现的神经氨酸酶（NA）突变，分别为E119V或R292K。携带NA-H275Y的奥司他韦耐药A(H1N1)pdm09病毒在15个州被检测到，但频率较低（0.53%）。这些病毒属于多个系统发育群体，其中血凝素（HA）亚群D.3.1与NA亚群D.1或D.2的组合最为常见。基于共享的序列数据，几乎所有来自澳大利亚、加拿大和智利的H275Y病毒也属于这些HA和NA亚群。相反，中国的大多数H275Y病毒（68/81）属于HA亚谱Clade C.1.9和NA亚谱D，并携带允许性突变R257K。在九株流感A病毒中检测到流感聚合酶酸性蛋白（PA）突变，这些突变可导致对baloxavir的敏感性降低4至92倍。携带PA-I38T的病毒在三种细胞系中表现出轻微的复制适应性减弱。根据现有数据，NA-H275Y和PA-I38T病毒来自未接触抗病毒药物的患者。与前几个流感季相比，对所有美国批准的流感抗病毒药物的基线敏感性基本保持不变。所有在美国检测到的猪源病毒均携带可导致金刚烷抗药性的标记M2-S31N，但对其他已批准的抗病毒药物仍然敏感。随着公共卫生实验室测序能力和生物信息学支持的增加，对抗病毒药物敏感性的监测已大大改进。通过流感监测获得的信息已被用于指导推荐。

重要性
具有降低抗病毒药物敏感性的流感病毒的流行可能削弱所开处方流感药物的有效性。本研究提供了2024~25年高严重性流感季节期间美国耐药流感病毒的流行情况信息。它提供了针对所有获批抗病毒药物的敏感性概况，以及代表性耐药病毒的复制适应性信息。大多数耐药病毒采自未接触抗病毒药物的患者，这表明它们具有人际传播的能力。基于全基因组测序（WGS）的分析是监测工作的基石，众多实验室已在使用这一方法。然而，美国疾病控制与预防中心（CDC）实验室是美国唯一进行流行病毒表型检测的实验室，这种检测对于确认基于序列分析的结果以及识别新的耐药分子标志至关重要。通过病毒学监测收集的数据提供了关于流感病毒药物敏感性的急需信息，这些信息用于指导抗病毒药物的使用建议。