甲型流感病毒（IAV）基因组测序的快速扩大改变了全球监测，但也给解释病毒突变的生物学意义带来了重大挑战，特别是与宿主适应相关的氨基酸置换。已经创建了资源来支持突变注释和系统发育分析，但需要一种工具，将实验得出的表型证据与进化背景整合到一个适合用户的框架中，而无需事先接受生物信息学培训。在这里，我们介绍了Flu Mutation Explorer，这是一个交互式网络应用程序，将大规模流感系统发育与手动策划的哺乳动物适应突变数据库相结合，以探索和解释IAV遗传变异。基础数据库包括超过150万个公开可用的IAV序列和1000多个与哺乳动物适应相关的突变。Flu Mutation Explorer使用户能够查询蛋白质序列，可视化病毒谱系中的氨基酸分布，检查宿主特异性保护模式，并通过支持文献的链接识别适应突变。我们纳入了案例研究，展示了该平台在评估感兴趣位点的氨基酸保护以及在正在进行的H5N1全动物疫情期间快速识别候选哺乳动物适应突变方面的应用。通过将基因组、系统发育和功能信息整合到一个直观的界面中，Flu Mutation Explorer降低了专家和非专家解释流感序列的障碍。