甲型流感病毒（IAV）在感染期间劫持宿主细胞机制，但许多宿主-病毒-蛋白质相互作用仍未被描述，特别是在其天然环境中。在这里，我们应用了细胞内交联质谱，结合结构建模和功能分析，绘制了IAV感染的人类细胞中的蛋白质-蛋白质接触位点。这揭示了以前未被识别的病毒-宿主相互作用与空间组织过程有关。我们通过膜结合内质网-高尔基体系统鉴定了与病毒表面糖蛋白血凝素不同糖型成熟相关的宿主因子。在细胞核中，我们观察到多个细胞系中副核（相分离的无膜隔室）的逐渐解体。在机制上，病毒核蛋白和非结构蛋白1与宿主寄生小体蛋白相互作用，病毒核酸内切酶PA-X降解寄生小体内的长非编码RNA，同时病毒RNA聚合酶II被抑制以促使寄生小体解体，从而释放出有助于甲型流感病毒复制的宿主因子。这些发现揭示了甲型流感病毒在感染过程中利用并重塑宿主细胞区室的机制。