甲型流感病毒（IAV）带来的巨大公共卫生负担需要持续监测其传播以识别风险。基于废水的监测（WBS）能够对大规模人群中的IAV传播进行非侵入式监控。在这项研究中，我们利用荷兰在新冠疫情期间建立的WBS基础设施，评估在废水中监测IAV的实际应用。我们使用RT-qPCR通过40个处理厂采集的5618个废水样本来识别IAV阳性率的趋势，这些趋势在流感流行期间达到高峰。此外，我们还使用定制引物面板对128个废水样本中流行亚型A(H1N1)pdm09和A(H3N2)的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）片段进行覆盖放大和后续测序。这使得在115个样本中实现了（部分）IAV片段的回收，这些样本被用来确定相对亚群数量并识别疫苗抗性突变，这两者都与临床监测数据相符。虽然还需要进一步提高样本病毒浓度和检测灵敏度，以便持续生成高质量的数据和为公共卫生专业人员提供洞察，但我们显示，在废水中监测IAV及其相关亚型是可行的。