人类季节性流感病毒的抗原进化主要是由血凝素（HA）蛋白中受体结合位点附近的单个氨基酸置换驱动的。预测这些替代的能力将允许在了解未来可能的抗原变异的情况下选择疫苗株。在这里，我们使用大型系统发育中趋同进化的测量来估计HA置换对病毒适应度的影响。我们表明，历史上导致H3N2流感病毒主要抗原变化的置换几乎总是HA受体结合位点附近的少数置换之一，这些置换估计在抗原转换前收集的序列中处于正选择状态，这是基于多个独立谱系中置换的收敛性获得。此外，该信号比包含抗原置换的主要分支的建立早了一年多，因此对于前瞻性预测具有很高的信息量。