2024年之前，高致病性禽流感H5N1演化系2.3.4.4b病毒主要在野生鸟类和家禽中流行。2024年和2025年，在美国奶牛中检测到2.3.4.4b基因型B3.13和D1.1。通过全基因组和片段特异性系统动力学推断，我们估计B3.13和D1.1分别于2023年底和2024年底从野生鸟类溢出到奶牛中。溢出发生在重组基因型形成后不久，随后经历数月的隐秘传输后才被发现。我们发现，B3.13和D1.1在牛中相较于鸟类的进化速率更高，主要得益于净化选择的放松。特定地点分析发现牛群基因组相对于鸟类处于正向选择状态，表明适应性，并可能促进病毒溢出后的适应性提升。在奶牛中加强基因组监测至关重要，因为种群免疫带来了额外的选择压力，人类感染的风险瞬息万变。