上呼吸道和下呼吸道（URT和LRT）为甲型流感病毒（IAV）的复制提供了不同的环境。它们的差异特征对病毒进化动力学、传播潜力和发病机制具有重要意义。为了研究URT和LRT中病毒复制差异的影响，我们评估了IAV在豚鼠呼吸系统中的扩散情况。豚鼠鼻内接种300μL的疫苗，将接种物输送到URT和LRT。使用两种毒株来代表流行的季节性IAV谱系：A/TX/50/2012型流感（H3N2）和A/CA/07/2009型流感（H1N1）。对于H1N1病毒，一个基因多样性的条形码库能够高分辨率地追踪病毒的传播。两种毒株在URT中均检测到感染性病毒；然而，下呼吸道中只检测到H1N1病毒。在这两个病例中都观察到肺匀浆中的感染性病毒，证实了H1N1病毒的LRT嗜性。测序基因条形码显示，多样性在鼻样本和气管中基本保持不变，但在扩散到肺部后有所减少。这种多样性的收缩与主要气道的距离和分支的增加有关，这表明通过呼吸道的长距离传播会在宿主种群内造成瓶颈。这些发现共同突显了上呼吸道和下呼吸道的不同环境是如何在宿主IAV种群动态中形成的。上呼吸道（URT）和下呼吸道（LRT）为甲型流感病毒（IAV）的传播和进化创造了不同的条件。我们研究了病毒在感染H3N2或H1N1 IAV毒株后如何通过豚鼠的气道传播。无论是鼻内、气溶胶还是传播，H1N1病毒都会在鼻腔、气管和肺部复制。