[预印本]FluNexus:一个用于甲型流感病毒抗原预测和可视化的多功能网络平台

甲型流感病毒不断进行抗原进化,以逃避由先前感染或疫苗接种引起的宿主免疫,从而导致季节性流行和偶发大流行。甲型流感病毒的抗原预测和可视化对于精确选择疫苗株和做好大流行防备至关重要。然而,尽管需求广泛,一个用户友好的在线平台尚不存在。在此,我们推出了FluNexus(https://flunexus.com),这是首个同类的“一站式”网页平台,旨在促进新兴变异株抗原变化的预测和可视化。FluNexus具有数据预处理模块,可处理血凝素亚基1(HA1)和血凝抑制(HI)数据,覆盖三种主要公共卫生威胁亚型(H1、H3和H5)。同时,FluNexus提供了一个用于在线抗原预测的互动界面,并为研究人员提供实用指导。最值得注意的是,FluNexus提供了流感A病毒抗原进化的可视化,使其抗原动态直观可见。特别地,FluNexus提出了基于流形的新方法来定位抗原和抗血清,即使在HI数据稀疏的情况下,也能生成准确的抗原图谱。通过减轻生物学家的编程负担,FluNexus支持在疫苗株选择中做出更明智的决策,并强化监测和大流行的应对能力。