乙型流感病毒（IBV）由于其在季节性流行病中的作用而仍然是一个令人担忧的问题，经常导致以高发病率和死亡率为特征的局部爆发。本研究使用系统发育和氨基酸变异分析对山东省分离的109株IBV菌株进行了分析。这些序列与从GISAID流感数据库获得的疫苗株和代表性分离株进行比对。使用MEGA软件中的最大似然（ML）方法构建系统发育树，同时使用MegAlign软件可视化氨基酸取代，并使用NetNGlyc 1.0预测潜在的N-糖基化位点。与当代疫苗株相比，山东省分离的109株IBV株表现出96.2%至100.0%的遗传同源性，随着时间的推移，进化差异有增加的趋势。观察到HA基因中的年度氨基酸取代，特别是在关键的抗原表位内，包括120环，150环，160环和190螺旋，以及在受体结合域中。共鉴定出30种推定的抗原变体。值得注意的是，一株菌株在NA基因中携带H273Y突变，这与神经氨酸酶（NA）抑制剂的耐药性有关。在编码NP，PA，NS1，PB2和PB1的基因中检测到其他突变，表明它们可能参与病毒复制和免疫逃避。此外，鉴定出一种B/Victoria菌株，其具有源自B/Yamagata谱系的NP基因，表明谱系之间可能存在重配。2015年至2024年间山东IBV毒株的基因组进化是由抗原漂移和遗传重配驱动的。循环菌株和疫苗成分之间的次优抗原性匹配，以及耐药变体的出现，强调了持续疫苗更新和抗病毒药物战略选择的迫切需要。对IBV流行病学和基因进化的持续监测对于提供潜在大流行威胁的早期预警仍然至关重要。