环境监测已成为早期发现对人类构成威胁的病原体的关键策略。在亚洲，活禽市场是人畜共患病毒传播的关键界面。传统的采样策略耗时、昂贵，并存在重大的生物安全风险。在这里，我们评估了2022年1月至2023年4月期间，宏基因组学在环境样本（ES）和传统家禽拭子上检测两个柬埔寨活禽市场（LBM）中病毒病原体的性能。ES，包括空气（n?=?35),笼拭子（n?=?17),屠体冲洗水（n?=?17) 饮用水（n?=?9) 与鸡的口咽拭子和泄殖腔拭子一起收集（n?=?30) 鸭子（n?=?29). ES对检测包括正粘液病毒科和冠状病毒科在内的病原体家族的40种病毒很敏感。空气样本捕获了最多样化的家禽病毒。当与同一基因比对时，ES的病毒重叠群与家禽拭子重叠群显示出高度的序列同一性。我们发现ES在检测高致病性甲型H5N1流感方面优于家禽样本，包括2.3.4.4b和2.3.2.1c分支，这些分支在环境中发现，但被家禽拭子遗漏了。我们的研究结果表明，ES的宏基因组学复制了传统的监测，提供了更广泛的覆盖范围和更好的病原体检测。这种方法对于减轻人畜共患传染病的蔓延和加强流行病的防范至关重要。