来自不同甲型流感病毒亚型的血凝素（HA）具有约40%的氨基酸同一性，但它们的蛋白质结构和细胞进入功能高度保守。在这里，我们研究了HA上的序列约束在三种亚型之间的差异程度。为此，我们首先使用假病毒深度突变扫描来测量H7 HA的所有氨基酸突变如何影响其细胞进入功能。然后，我们将这些新的测量结果与先前描述的所有H3和H5突变如何影响细胞进入功能的测量结果进行比较。我们发现，约50%的HA位点在HA亚型中对不同氨基酸的偏好差异很大。氨基酸偏好差异最大的位点往往被掩埋，并且在不同的HA亚型中具有生化上不同的野生型氨基酸。我们提供了一个例子，说明重新连接接触残基之间的相互作用如何显着改变了在特定位点可以耐受的氨基酸。总体而言，我们的结果表明，具有相同结构和功能的蛋白质如何随着序列的差异而受到非常不同的位点特异性进化约束。