有利突变的选择推动了季节性流感流行期间显性变异的出现。然而，在宿主内检测到这种变异仍然很少见，这限制了我们对选择如何在个体宿主规模上运作的理解。在这项研究中，我们使用受控的人类感染模型来检查13名鼻内感染季节性H3N2甲型流感病毒的参与者的宿主内进化动力学。虽然这项临床试验正在进行中，但我们的工作代表了预先计划的，中期的探索性分析。该系统的结果与雪貂感染模型中观察到的结果进行了对比。用于人类和雪貂的接种物具有站立的多样性，可以评估感染期间的变异轨迹。尽管参与者之间的动态变化不尽相同，但在人类中，随着感染的进展，PA和NP基因片段的次要变异频率往往会增加。雪貂的变异动力学更为一致，但在次要NP等位基因的命运上与人类有所不同。基于这些观察结果，我们将种群遗传模型拟合为变异频率的纵向测量。变异选择系数和有效病毒种群大小的估计表明，在人类中，两个次要变异比主要变异具有选择性优势，但遗传漂移很强，限制了选择的效率。在雪貂中，PA次要变体也被估计具有选择性优势，而NP次要变体被估计具有选择性劣势。此外，据估计，雪貂的有效病毒种群规模要比人类高得多，这表明雪貂的遗传漂移较弱。我们的分析揭示了在人类和雪貂宿主中作用于流感病毒的不同选择性环境，并表明宿主内水平的选择因遗传漂移而减弱。