自2023年以来，高致病性禽流感（HPAI）H5N1进化枝2.3.4.4b在南大洋迅速扩张，导致南极下野生动物大量死亡。然而，由于监测限制，它对南极洲的渗透以及对依赖冰的物种的影响仍然没有得到很好的解决。我们报告了在南极冰依赖性海豹（食蟹海豹；Lobodon carcinophaga）中首次确认的H5N1感染，并记录了2024年11月至12月期间威德尔海北部食蟹海豹的死亡率。结合9个物种的基因组，血清学和观察数据，我们在食蟹海豹和海带鸥（Larus dominicanus）中检测到H5N1 RNA，并从两者中回收了完整的HA，NA和M2基因序列。系统发育分析使我们能够确定至少两次将高致病性禽流感H5N1进化枝2.3.4.4b独立引入南极半岛北部地区。血清学提供了强有力的证据，证明先前曾接触过食腐鸟类，但在企鹅或鳍足类动物中未检测到H5免疫力。总之，这些结果表明，正在进行的新型病毒入侵南极洲，可能是由海上过程（例如浮冰上的动物相互作用）促成的，而这些过程对于陆基监测来说仍然是不可见的。这些发现突出了依赖冰的鳍足类动物对高致病性禽流感H5N1进化枝2.3.4.4b的脆弱性，以及迫切需要扩大南极综合监测框架，将血清学，机会性尸体采样和基因组测序结合起来。