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2025-12-16 2:50:33


Richard A. Neher. [预印本]季节性流感病毒遗传变异追踪的命名法. https://doi.org/10.64898/2025.12.06.25341755
发表人:kickingbird  发表时间:2025年12月9日9点37分  来源:https://doi.org/10.64898/2025.12.06.25341755

背景:人类季节性流感病毒的基因组监测是全球流感监测与响应系统(GISRS)的重要组成部分,并为季节性流感疫苗配方的建议提供指导。病毒基因组序列的系统发育分析用于识别具有潜在抗原变化的病毒群,并利用计算模型预测哪些病毒变异在未来季节可能高水平传播。为了促进遗传多样性的讨论和报告,以及传达抗原推荐,更新且足够细致的遗传类群定义非常重要。
方法:人类A(H3N2)、A(H1N1)pdm09和B型流感的第4段(血凝素)和第6段(神经氨酸酶)命名系统。
结果:我们设计了一种分支建议算法,基于以下条件提出新的子分支,包括(i)该组序列数量,(ii)与直接祖先分支的分歧,以及(iii)通往该子分支的分支氨基酸替换的数量和质量。算法类群提案被审查并赋予一个系统层级标签,由一个首字母跟数字组成(例如 G.1.3)。名字通过混叠(aliasing)来保持简短,也就是将前缀合并成唯一字母。亚分支定义被公开分享,以促进工具的采用和开发。Nextclade 支持这一新命名法,并被 GISRS 网络常规使用。
结论:随着基因组监测的不断增加,对最新分类方案的需求也在增长,我们希望当前的动态提案能够适应不断增长的数据量,并有助于简化这些数据的解释。

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