高致病性禽流感病毒H5N1自2024年初首次侵入奶牛以来，一直在感染美国的奶牛群。尽管国家战略旨在检测受影响的牛群，但监测H5N1病毒牛群的最佳方法尚未得到正式研究，我们也不了解牛群层面的感染模式。为了了解奶牛群中H5N1随时间变化的感染模式，我们在 2024年秋季的一项观察性研究中对加利福尼亚州未受影响的农场进行了早期监测。从每个牛群提交每日散装罐装牛奶（BTM）样本，并通过rRt-PCR检测甲型流感（IAV）。在一部分牛群中，在检测到BTM后不久，还完成了对不同类别牛的多种排泄类型和围栏级日奶的IAV检测。BTM每天检测到IAV至少持续33天，一些牛群在75天窗口后继续检测到。BTM Ct 最低点在检测1-3周之间可见。在接受测试的牛群中，在BTM检测后或开始围栏采样之前，在所有牛栏的牛奶中检测到病毒。在检测到BTM后不久收集的奶牛样本中，IAV检测呈阳性的比例非常低（2.8%），尽管在所有排泄类型中都发现了该病毒，但大多数阳性样本来自牛奶。这表明BTM可能是牛群感染的最佳早期指标，并且病毒在牛群入侵后向所有泌乳牛栏的移动速度相对较快。这些结果还表明，BTM检测日间隔较长的监测策略可能会错过感染窗口较短的牛群。由于大多数牛群经历了测试日，一些提交的BTM样本检测到病毒，而另一些则没有，并且当牛群的BTM检测呈阴性时，在围栏牛奶样本中检测到病毒，因此这项工作还强调了研究IAV rRt-PCR检测在聚合牛奶样本中的测试灵敏度的必要性。