高通量测序目前正在彻底改变基因组学领域，并为微生物的检测和表征提供了新的方法。本研究的目的是使用两个测序平台（MiSeq 和 Nanopore （GridION））和物种特异性qPCR评估牛呼吸道样本中D型流感病毒（IDV）的检测。对232个样本（116个鼻拭子和116个气管冲洗液）进行了IDV特异性qPCR，这些样本之前曾使用 MiSeq 进行过病毒组测序。通过MiSeq或qPCR对 19个IDV阳性样品进行纳米孔测序。纳米孔序列数据通过两种生物信息学方法进行分析：What´s In My Pot（WIMP，在 EPI2ME 平台上）和内部开发的分析管道。qPCR与MiSeq的IDV检测一致性为82.3%，qPCR与Nanopore的一致性为57.9%（内部）和84.2%（WIMP），MiSeq与Nanopore的一致性为89.5%（内部）和73.7%（WIMP）。尽管对 50 个样本进行了多重测序，但在17个IDV qPCR 阳性样本中的14个样本中，MiSeq 检测到IDV，Cq（循环定量）值低于31。当以qPCR为金标准时，MiSeq序列检测的灵敏度和特异度分别为28.3%和98.9%。我们得出的结论是，MiSeq 和 Nanopore 测序都能够检测临床标本中具有一系列Cq值的IDV。通过优化序列数据分析、提高病毒富集或降低多重程度，可以进一步提高灵敏度。