甲型流感病毒（IAV）形成多形性颗粒，包装八个核糖核蛋白复合物（vRNP），每个复合物都携带一个不同的RNA基因组片段。vRNP在细胞核中组装，并在Rab11a介导的质膜运输过程中进行选择性分选。病毒粒子组装由基质蛋白1（M1）协调，基质蛋白 在病毒包膜下形成一层含有血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）。然而，vRNP分布、胞质运输和IAV组装协调的分子细节仍不清楚。使用原位冷冻（ET），我们发现含HA的膜为膜辅助vRNP聚类提供了Rab11a依赖性平台，从而缩短了vRNP间距离。在没有HA的情况下，vRNP聚集在含NA的膜上，病毒组装保持完整，表明vRNP聚集和运输是膜辅助的，但与HA无关。特征性的7+1 vRNP束与出芽同时形成，并由质膜附着之前的M1层组装协调。我们进一步揭示，细胞内M1形成反平行二聚体的多层螺旋组装体，在结构上与病毒粒子中的M1层不同。这些组装体在细胞核中是致密的，但在细胞质中部分解离，可能作为出芽的储存库。我们的研究结果共同揭示了膜辅助vRNP聚类和M1协调流感病毒组装的分子细节。