与其内部基因提供者H9N2禽流感病毒（AIV）相比，新兴的早期人畜共患禽H7N9和H3N8低致病性禽流感病毒（LPAIV）在人类中的致病性显着增强，表明表面HA或NA的关键作用。在这里，我们生成了几种结合HA，NA或HA的重配AIV?+?来自具有内部H9N2 AIV基因的新兴人畜共患H7N9或H3N8 LPAIV的NA，并研究了HA和NA对人类细胞和小鼠中重配体复制和致病性的影响。通过分析受体结合，病毒吸附，HA切割效率，病毒内吞作用和出芽来确定关键的受影响阶段。我们发现感染了含有早期人畜共患H7N9 LPAIV HA而非NA的病毒的小鼠表现出高死亡率，体重减轻，严重的肺损伤和肺部病毒载量增加。我们发现HA替代增强了人A549细胞中的病毒复制，并显示出双重唾液酸受体结合能力。这种替代还促进了病毒与哺乳动物细胞的附着，并通过提高HA0切割效率促进了内吞作用；然而，萌芽没有受到影响。此外，来自新出现的人畜共患H3N8 LPAIV的HA提高了小鼠重配的致病性。总之，我们的研究表明，新出现的人畜共患LPAIV的HA通过增加病毒进入并引起肺损伤而导致哺乳动物的高致病性，从而突出了具有双受体结合特性和HA切割效率的HA作为未来新出现的人畜共患AIV风险评估的新标志物。