自2020年起，高致病性禽流感（HPAI）H5N1病毒2.3.4.4b亚型的爆发已演变为有记录以来规模最大的全球性动物疫情1,3。本文报道该病毒已侵入印度洋亚南极克罗泽群岛和克尔格伦群岛，我们在2024年10月首次于死亡的南象海豹尸体中检测到该病毒。尽管疫情仍在持续，但已造成海洋哺乳动物和海鸟前所未有的死亡率。我们采集了海豹和海鸟尸体的脑部拭子样本，获得了25个新型HPAI H5N1 2.3.4.4b序列。通过系统发育地理学分析显示，病毒很可能通过远程的南乔治亚岛（位于南大西洋）而非邻近的南非海岸独立传入克罗泽和克尔格伦群岛。我们的研究结果揭示了亚南极地区存在长达一年的基因组监测空白。在本地，我们的分析显示该病毒能在不同物种间传播。血清学检测表明部分南方露脊鲸已产生抗H5抗体反应。随着高致病性禽流感H5N1病毒亚型2.3.4.4b通过环南极传播至印度洋，其正逼近尚未感染该毒株的澳大利亚，对南极洲亚区野生动物构成重大威胁